高新技术企业在研发费用调整中应注意的重点问题，注意研发费用与研发项目、知识产权的关联性：高新技术企业各要素之间具有很强的逻辑上的关联性。与知识产权有关的项目，应该在无形资产摊销项下体现。另外，过于庞大的研发项目可以考虑分拆，但是相关费用不能简单的平均分摊，应当有合理的分摊依据。
高新技术企业在研发费用调整中应注意的重点问题，注意跨期研发费用的处理：跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用。
高新技术企业在研发费用调整中应注意的重点问题，注意与之前向政府部门申报的资料保持一致：按照原国税函 [2009]203 号文的要求，高新技术企业需要在汇算清缴期间向税务机关报送研究开发费用结构明细表。另外，很多高新技术企业需要按季度、月份向各地科技部门或者园区管委会报送高新企业相关数据。在再次认定或者各类检查中，企业需要重点关注与之前申报数据的一致性，避免出现前后矛盾的情况。
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