一、管理机构及职责明确：办法明确规定，由科技部、财政部和国家税务总局组成高新技术企业的认定管理工作领导小组，并执行相关职责。领导小组下设办公室，地点在科技部。并分别明确了领导小组和办公室的主要职责。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（以下称“认定机构”），根据本办法开展高新技术企业的认定管理工作。
管理机构的设置和职责的明确进一步加强了对高新技术企业相关工作的管理和监督。
二、认定条件强调独立知识产权
为了适应新形势的发展，鼓励企业自主创新，与原认定办法（国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法 国科发火字[2000]324号）（以下称“原办法”）相比，新办法强调企业对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。对于获得核心技术知识产权的方式，办法规定，可以通过近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式。这是认定企业为高新技术企业的硬条件。
三、《国家重点支持的高新技术领域》修改为八个
四、细化了研发费用的比例并规定在我国境内研发费用的最低比例
五、加强了对高新技术企业的后续管理：新办法规定，“企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》（另行制定）的要求。”
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