申请高新技术企业，注意税务申报系统中所得税汇算清缴数据与企业年度审计报告的一致性：企业汇算清缴数据与年度审计报告和账面数据如若不一致，特别是涉及到主营业务收入、主营业务成本、管理费用、利润总额等关键数据，申请材料中必须出具合理的情况说明，如无法说服评审专家，甚至会被认为申报材料不真实。
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申请高新技术企业，注意每年要进行研发费用加计扣除申报工作税法规定，当期发生的研发费用符合条件的可以在所得税前按150%列支，而经认证的科技型中 小企业抵扣比例提升至175%。每年进行申报，就是提前让税务局认可研发费用总额。
