企业要注意税务申报系统中所得税汇算清缴数据与企业年度审计报告的一致性。因各种原因，企业的汇算清缴数据与年度审计报告和账面数据可能不一致，特别是涉及到主营业务收入、主营业务成本、管理费用、利润总额等关键数据，将来报送材料时可能会被要求出具很多说明，甚至会被认为申报材料不真实，这就要求企业在日常财务工作中应该注意这些关键数据的准确性和一致性，加强人员的培训和管理，以免出现类似的差错。
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根据规定，当期发生的研发费用符合条件的可以在所得税前按150%列支。研发费用比例一直是高新技术企业认定的核心，也是评审和税务部门审核的关键，每年进行研发费用加计扣除申报工作，就是提前让税务部门认可研发费用总额。税务机构在对高新企业研发费用发生情况进行认定前，还会去企业实地调查，企业在调查过程中也应该与税务机关积极沟通，按照税务机关的要求规范研发费用的管理。
