认定高新技术企业，如果企业在前期并没有将研发费用单列到项目甚至没有在账内单独列支研发费用，那么必然导致企业财务人员在申报高企认定时，才临时按照「指引」要求，按项目对研发费用逐项进行归集、认定，工作量非常大，有时甚至都是在做无用功。因此，提前归集财务费用是十分重要的准备环节。
此外，认定高新技术企业，条件还要求企业研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合要求。因此，企业前期对每一个研发项目在财务上设专帐管理，形成规范的科技财务管理体系、建立完善企业科技财务风险评价体系便十分重要了。如果没有相应的财务体系构架，很难证明企业正在健康、快速发展，自然也会提高企业申请科研项目资金的难度与风险。
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