1、查看申请认定表中职工人数与基本信息表中的人数是否一致，对职工人数明显不一致的，影响科技人员占比的，直接以“科技人员占比不符合要求”予以否决。
2、查看研发项目立项和验收情况，对研发费归集中的研发人数与直接人工工资总额情况进行比对，对工资总额超出常规水平的，查看企业代扣代缴个人所得税情况，无代扣个人所得税的，按“研发费归集不准确（不实）”否决。查看高新技术企业优惠明细表对重新申请认定高新技术企业，着重查看纳税人上一年度享受高新技术企业优惠明细表，对企业申请认定资料与优惠明细表中职工人数和科研人员数据不一致的，直接以材料不符合要求否决。
查看企业财务报表
1、查看财务报表之间的勾稽关系，前后年度数据结转是否一致。特别是上一年度与本年度资产、负债、所有者权益数据前后数据是否相衔接，对前后不一致的，按财务核算不规范处理。
2、查看企业成长性，对收入和净资产增加均为负数的，直接“成长性和研发成果转化弱”予以否决。
查看企业其他申报材料
1、看注册时间。看企业成立时间是否达到1年，不到1年的，直接否决；
2、查询企业所得税申报表，原始申报中有无核定征收的，对核定征收企业和原为核定征收企业现转为查账征收但查账征收不到3个纳税年度的，直接否决。
3、查看出具审计和鉴定材料的中介机构是否符合要求，成立时间是否满三年？全年月平均人数是否符合20人，注册会计师或税务师占比是否达到30%。对不符合条件的，按中介机构不符，予以否决。
