1、没有建立研发费用专账管理，或者专账管理不达标；
2、专利条件关联度低，甚至不符合；
3、技术项目立项不合理，没有做当年度加计扣除；
4、没有及时填报年报、季报；
5、年报、季报填写的数据不符合高新技术企业体系要求；
6、年报、季报或申报材料与报税数据有出入。
7、发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为
拿第7项来说，认定通过的高新技术企业，在后期发生了重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为，要取消高企资格，并追回发生重大安全、重大质量事故或严重违法行为之日起以来所享受的所得税近额。
所以企业要注意生产过程中防范发生重大安全、质量事故的法律风险。重大安全、质量事故属于企业经营管理方面的法律风险，要求企业不仅要重视企业效益，同时更要重点安全生产和产品的质量，否则同时会面临取消高新技术企业资格、当年不得再次申请高新技术企业认定。
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